Basic data
| Activiteitencentrum | Sint-Jan |
| Database | Moleculaire microbiologie |
| Groep | Virale DNA/RNA detectie |
| Code | 55008 |
| Verzending | Nee |
Detail data
| Lichaamsmateriaal voorkeur | Bloed |
| Recipient voorkeur | EDTA-buis |
| Recipient toegelaten | serum buis |
| Mininum vereiste volume | 0,5 mL |
| Speciale afname condities | Enkel stalen met een virale lading van minimaal 5000 IU/ml komen in aanmerking; voor stalen met een lagere virale lading is het technisch onmogelijk om betrouwbaar te sequeneren. Alvorende de genotyperingsreeks start, wordt gekeken of er voor elk staal een actuele virale lading gekend is (recente bepaling binnen de laatste maand); zoniet zal er een HCV VL worden toegevoegd alvorens genotypering. |
| Bewaarcondities en voorbehandeling | (1) Vol bloed (EDTA of serum) 6 uur bij kamertemperatuur, 24 uur bij 2-8°C. (2) Serum of plasma (afgescheiden van de rode bloedcellen): 24 uur bij 2-30°C, 3 dagen bij 2-8°C , langer bij -70°C |
| Acceptatiecriteria staalontvangst | Correct en onbeschadigd recipiënt met duidelijke identificatiegegevens. |
| Acceptatiecriteria bijaanvraag | Indien het monster een correcte pre-analytische fase doorliep en veilig bewaard zit (zie bewaarcondities), is dit toegelaten. |
| Transport voorwaarden | (1) Vol bloed (EDTA of serum) transport bij kamertemperatuur bij binnen de 6 uur na afname; (2) Plasma of serum afgescheiden van de rode bloedcellen, transport binnen de 24 uur na afname bij 2-8°C, indien langer transport bij < -50°C (carbo-ijs) |
| Analyse frequentie | 2x per maand |
| Antwoordtijd | 3 - 21 dagen |
| 24/24uur | Neen |
| Verantwoordelijk klinisch bioloog | dr. Marijke Reynders |
| Uitvoerende laboratoriumdienst/afdeling | Dienst Laboratoriumgeneeskunde; Operationele Eenheid Moleculaire Biologie; Werkpost Moleculaire Biologie - Microbiologie |
| Techniek/methode | Sequentie-analyse. In een eerste stap wordt via een one step Revers Transcriptase PCR 389 bp van het NS5B gen geamplificeerd. Dit PCR product wordt daarna opgezuiverd met ExoSAP-IT. Bij de zuivering wordt gebruik gemaakt van twee enzymes: Exonuclease I en Shrimp Alkalisch Fosfatase. Exonuclease I hydrolyseert enkelstrengig DNA in een 5’ - 3’ richting, waardoor de primers worden afgebroken; Alkalisch Fosfatase verwijdert de fosfaatgroepen van de dNTP’s zodat deze geïnactiveerd worden. In een tweede stap wordt de sequentie reactie uitgevoerd aan de hand van de cycle sequencing methode van Sanger. Amplicons worden gesequeneerd in beide richtingen gebruik makend van de dezelfde amplificatieprimers. In een derde stap worden de sequentie producten gezuiverd met behulp van Sephadex kolomzuivering. In de laatste stap worden de sequentieproducten via capillaire elektroforese van elkaar gescheiden, waarna de detector telkens het fluorochroom detecteert. Op die manier wordt het bijbehorende nucleotide herkend en kan de volledige sequentie van de RNA streng achterhaald worden. Het HCV genotype wordt vervolgens bepaald door de nucleotiden sequentie van het NS5B gen van het onbekende isolaat te vergelijken met de gekende NS5B sequenties aanwezig in verschillende databanken. |
| Toestel | Genetic Analyzer 3130 (lifetech) |
| Eenheid of kwalitatief | kwalitatief |
| Interpretatie | HCV is erg heterogeen. Minstens elf HCV genotypes met tal van te onderscheiden subtypes werden geïdentificeerd doorheen de wereld. Deze diversiteit heeft verschillende consequenties: hoewel de verschillende stammen blijkbaar niet dramatisch onderling verschillen wat betreft hun virulentie of pathogeniciteit, zullen de diverse genotypes toch een variatie vertonen in hun mate van antwoorden op combinatietherapie met interferon/ribavirine gebaseerde schema's. Daarenboven hindert de uitgesproken heterogeniciteit binnen HCV de ontwikkeling van een werkzaam vaccin. Vaccinale antigenen van multiple genotypes zullen noodzakelijk zijn voor globale protectie. |
| Deelname EKE | QCMD |
| Accreditatie | Ja, ISO 15189:2012 (379-MED) |
| Aanvraagformulier | AFAZFAB00007 Infectieuze serologie, moleculaire microbiologie en antivirale middelen |
| Diagnoseregel | Deze verstrekking kan slechts éénmaal uitgevoerd worden per patiënt bij het opstarten van een behandeling (MHCVT1). |
| RIZIV nr | 556754 - 556765 |
| B-waarde | B4000 |
| Versiedatum | 13/12/2022 |
