NGS myeloïd 44-genen panel (Qiaseq) - vanaf 01/01/2022

Basic data

Activiteitencentrum	Sint-Jan
Database	Moleculaire hematologie
Groep	6. NGS mutatiescreening
Code	MYE_NGS (staalreceptie: testcode MOBI gebruiken)
Verzending	Nee

Detail data

Lichaamsmateriaal voorkeur

perifeer bloed, beenmerg

Lichaamsmateriaal toegelaten

wenkbrauwhaar (evt. wangslijmvlies)

Recipient voorkeur

EDTA

Mininum vereiste volume

2 ml beenmerg, 2 ml bloed (volstaat voor alle aangevraagde DNA analyses)

Analysevolume

0,2 ml

Bewaarcondities en voorbehandeling

DNA-analyse. Bewaar stalen bij 2-8°C (niet invriezen).

Acceptatiecriteria bijaanvraag

max. 21d. na staalontvangst

Transport voorwaarden

DNA-analyse. Na afname staal gekoeld bewaren bij 2-8°C. Verzending naar laboratorium mag bij kamertemperatuur.

Analyse frequentie

Wekelijks

Antwoordtijd

Max. 3 weken

24/24uur

nee

Verantwoordelijk klinisch bioloog

Dr. Helena Devos

Uitvoerende laboratoriumdienst/afdeling

Dienst Laboratoriumgeneeskunde; Operationele Eenheid Moleculaire Biologie; Werkpost Moleculaire Biologie - Hematologie

Techniek/methode

Next generation sequencing - Targeted resequencing Qiagen QiaSeq Targeted DNA custom panel

Toestel

MiSeq of NextSeq (Illumina)

Interpretatie

Met deze next generation sequencing analyse (ie. Qiagen QiaSeq Targeted DNA custom panel op het MiSeq-Illumina platform: vanaf okt 2018 in routine gebruikt, voorheen Generead kit) worden ahv massieve parallelle sequenering afwijkingen opgespoord bij patiënten met een nieuwe diagnose van AML, MDS, MPN of MDS/MPN overlap aandoeningen zoals oa. atypische CML, CMML, CNL. Het gebruikte panel is conform de richtlijnen van de RIZIV NGS conventie. Classificatie van varianten uit het ComPerMed genenpanel gebeurt volgens de Belgische richtlijnen, varianten uit de overige genen worden geclassificeerd a.d.h.v. VarSome en literatuur. Enkel pathogene varianten, mogelijks pathogene varianten en varianten met onbekende betekenis (VUS) vanaf 2% variant allel frequentie (VAF) worden gerapporteerd, m.u.v het CEBPA gen waarbij dit 10% bedraagt en de JAK2 V617F mutatie waarbij dit 0.5% bedraagt. Voor het opsporen van substitutiemutaties en kleine insertie/deletie mutaties (<25 baseparen) bedraagt de sensitiviteit minstens 5%, en dit bij meer dan 99% van de geanalyseerde basen. Voor de JAK2 V617F mutatie wordt een sensitiviteit van 1% gegarandeerd. Deze test kan geen onderscheid maken tussen een verworven en een germline mutatie, en kan CHIP (clonal hematopoiesis of indeterminate potential) en pathogene mutaties niet van mekaar onderscheiden.
Uitzonderlijk kunnen mutaties in ELANE, RUNX1, CEBPA (indien biallelisch), ETV6, ANKD26 en DDX41 germline zijn met implicaties voor zowel de patiënt als de familie. In deze gevallen bedraagt de allel frequentie van de mutatie om en bij de 50 of 100%. De leeftijd van de patiënt is meestel eerder jong (<40j) bij de ontdekking van een germline mutatie, al is dit bij een oudere patiënt niet uitgesloten. Een genetisch consult is in deze gevallen aangewezen. Bij twijfel kan heranalyse van het betrokken gemuteerde gen op een beenmerg monster in remissie, wenkbrauwharen of evt. wangslijmvlies (CAVE: contaminatie met bloedcellen) meer duidelijkheid geven.

Tabel met genen, exonen en transcripten:

Gen	Exon(en)	Transcript
ANKRD26	partieel 5'UTR (c.-197 tot c.-108)	ENST00000376087.4
ASXL1	13	ENST00000375687.4
BCOR	2 - 15	ENST00000378444.4
BCORL1	1 - 12	ENST00000540052.1
CALR	9	ENST00000316448.5
CBL	8, 9	ENST00000264033.4
CEBPA	1	ENST00000498907.2
CSF3R	14, 15, 17	ENST00000373103.1
CUX1	1 - 24	ENST00000360264.3
DDX41	1 - 17	ENST00000507955.1
DNMT3A	8 - 23	ENST00000321117.5
ELANE	1 - 15	ENST00000263621.1
ETNK1	3	ENST00000266517.4
ETV6	1 - 8	ENST00000396373.4
EZH2	2 - 20	ENST00000320356.2
FLT3	13 - 15 (incl. introns), 20	ENST00000241453.7
GATA1	2 - 6	ENST00000376670.3
GATA2	2 - 6 (+ intron 4)	ENST00000341105.2
HRAS	2 - 4	ENST00000451590.1
IDH1	4	ENST00000345146.2
IDH2	4	ENST00000330062.3
JAK2	12, 14, 16	ENST00000381652.3
JAK3	11, 13, 15, 16, 19, 21	ENST00000458235.1
KIT	8 - 11, 13, 17	ENST00000288135.5
KRAS	2 - 4	ENST00000311936.3
MPL	10	ENST00000372470.3
NPM1	11	ENST00000296930.5
NRAS	2 - 4	ENST00000369535.4
PTPN11	3, 13	ENST00000351677.2
RAD21	2 - 14	ENST00000297338.2
RUNX1	1 - 8	ENST00000300305.3
SBDS	1 - 5	ENST00000246868.2
SETBP1	4	ENST00000282030.5
SF1	1 - 13	ENST00000377387.1
SF3B1	13 - 16	ENST00000335508.6
SMC1A	1 - 25	ENST00000322213.4
SMC3	1 - 29	ENST00000361804.4
STAG2	3 - 35	ENST00000218089.9
SRSF2	1 partieel (p.Arg66 tot p.Pro107)	ENST00000392485.2
TET2	3 - 11	ENST00000380013.4
TP53	2 - 11	ENST00000269305.4
U2AF1	2, 6	ENST00000291552.4
WT1	6 - 9	ENST00000332351.3
ZRSR2	1 - 11	ENST00000307771.7