Back to top

NGS myeloïd 21-genen panel (Qiaseq): wordt niet meer uitgevoerd: zie NGS myeloïd 44-genen panel (sinds 01/01/2022)

Basic data

Activiteitencentrum Sint-Jan
Database Moleculaire hematologie
Groep 6. NGS mutatiescreening
Code (staalreceptie: testcode MOBI gebruiken)
Verzending Nee

Detail data

Lichaamsmateriaal voorkeur Beenmerg
Lichaamsmateriaal toegelaten Perifeer bloed
Recipient voorkeur EDTA
Mininum vereiste volume 2 ml beenmerg, 2 ml bloed (volstaat voor alle aangevraagde DNA analyses)
Analysevolume 0,2 ml
Bewaarcondities en voorbehandeling DNA-analyse. Bewaar stalen bij 2-8°C (niet invriezen).
Acceptatiecriteria bijaanvraag max. 21d. na staalontvangst
Transport voorwaarden DNA-analyse. Na afname staal gekoeld bewaren bij 2-8°C. Verzending naar laboratorium mag bij kamertemperatuur.
Analyse frequentie Wekelijks
Antwoordtijd Max. 3 weken
24/24uur nee
Verantwoordelijk klinisch bioloog Dr. Helena Devos
Uitvoerende laboratoriumdienst/afdeling Dienst Laboratoriumgeneeskunde; Operationele Eenheid Moleculaire Biologie; Werkpost Moleculaire Biologie - Hematologie
Techniek/methode Next generation sequencing - Targeted resequencing Qiagen QiaSeq Targeted DNA custom panel
Toestel MiSeq of NextSeq (Illumina)
Interpretatie Met deze next generation sequencing analyse (ie. Qiagen QiaSeq Targeted DNA custom panel op het MiSeq-Illumina platform: vanaf okt 2018 in routine gebruikt, voorheen Generead kit) worden ahv massieve parallelle sequenering afwijkingen opgespoord bij patiënten met een nieuwe diagnose van AML, MDS, MPN of MDS/MPN overlap aandoeningen zoals oa. atypische CML, CMML, CNL. Het gebruikte panel is conform de richtlijnen van de RIZIV NGS conventie. Enkel pathogene varaniten, mogelijks pathogene varianten en varianten met onbekende betekenis (VUS) vanaf 2% variant allel frequentie (VAF) worden gerapporteerd, m.u.v het CEBPA gen waarbij dit 10% bedraagt en de JAK2 V617F mutatie waarbij dit 0.5% bedraagt. Voor het opsporen van substitutiemutaties en kleine insertie/deletie mutaties (<25 baseparen) bedraagt de sensitiviteit minstens 5%, en dit bij meer dan 99% van de geanalyseerde basen. Voor de JAK2 V617F mutatie wordt een sensitiviteit van 1% gegarandeerd. Indien er een verminderde gevoeligheid is voor een hotspot regio wordt dit vermeld op het rapport. Bij grotere insertie/deletie mutaties is de gevoeligheid verminderd, afhankelijk van het type variant. Er werd een verminderde gevoeligheid vastgesteld voor het opsporen van FLT3-ITD varianten, daarom wordt bij AML diagnose ook PCR-fragmentanalyse uitgevoerd. Deze test kan geen onderscheid maken tussen een verworven en een germline mutatie, en kan CHIP (clonal hematopoiesis of indeterminate potential) en pathogene mutaties niet van mekaar onderscheiden.
Uitzonderlijk kunnen mutaties in RUNX1 en CEBPA (indien biallelisch) germline zijn met implicaties voor zowel de patiënt als de familie. In deze gevallen bedraagt de allel frequentie van de mutatie om en bij de 50 of 100%. De leeftijd van de patiënt is meestel eerder jong (<40j) bij de ontdekking van een germline mutatie, al is dit bij een oudere patiënt niet uitgesloten. Een genetisch consult is in deze gevallen aangewezen. Bij twijfel kan heranalyse van het betrokken gemuteerde gen op een beenmerg monster in remissie meer duidelijkheid geven.



Gen Transcript Exon(en) Geanalyseerde aminozuren (% van complete CDS)
ASXL1 ENST00000375687.4 13 I574-TER1542 (63,0%)
CALR ENST00000316448.5 9 A352-TER418 (16,0%)
CEBPA ENST00000498907.2 1 M1-TER598 (100,0%)
CSF3R ENST00000373103.1 14, 17 A576-P621, L681-TER864 (5,5%)
DNMT3A ENST00000321117.5 8-23 D286-TER913 (68,8%)
EZH2 ENST00000320356.2 2-20 S40-TER752 (94,8%)
FLT3 ENST00000241453.7 13-15, 20 P534-K647, C807-N847 (15,6%)
IDH1 ENST00000345146.2 4 Y42-Q138 (23,4%)
IDH2 ENST00000330062.2 4 F126-Q178 (11,7%)
JAK2 ENST00000381652.3 12,14 K506-F547, S593-E621 (6,3%)
KIT ENST00000288135.5 8-11, 13, 17 K412-F591, S628-G663,C788-N828 (26,3%)
MPL ENST00000372470.3 10 W491-Y521 (4,9%)
NPM1 ENST00000296930.5 11 A283-TER295 (4,4%)
RUNX1 ENST00000300305.3 1-8 M1-TER481 (100,0%)
SETBP1 ENST00000282030.5 4 N837-R918, Q1068-H1158 (10,8%)
SF3B1 ENST00000335508.6 13-16 I574-K790 (16,6%)
SRSF2(SFRS2) ENST00000392485.2 1 R66-P107 (19,0%)
TET2 ENST00000380013.4 3-11 M1-TER2003 (100,0%)
TP53 ENST00000269305.4 2-11 M1-TER394 (100,0%)
U2AF1 ENST00000291552.4 2, 6 V16-Q44, F117-M160 (30,3%)
WT1 ENST00000332351.3 6-9 H335-T477 (27,7%)

Volgende regio's hebben frequent (in ≥ 50% van de stalen) een verminderde gevoeligheid. Deze bevatten geen hotspot mutatie regio.



Gen Regio
RUNX1 Exon 6 (R205-N269)
RUNX1 Exon 8 (T323-TER481)
TP53 Exon 11 (S367-K373)
Deelname EKE UKNEQAS
Accreditatie ISO 15189:2012 (379-MED)
Aanvraagformulier AFAZFAB00005 Aanvraagbrief Speciale hematologie
Zoektermen NGS, myeloid panel, myeloide genen
Versiedatum 15/04/2022