| Interpretatie |
Met deze next generation sequencing analyse (ie. Qiagen QiaSeq Targeted DNA custom panel op het MiSeq-Illumina platform: vanaf okt 2018 in routine gebruikt, voorheen Generead kit) worden ahv massieve parallelle sequenering afwijkingen opgespoord bij patiënten met een nieuwe diagnose van AML, MDS, MPN of MDS/MPN overlap aandoeningen zoals oa. atypische CML, CMML, CNL. Het gebruikte panel is conform de richtlijnen van de RIZIV NGS conventie. Enkel pathogene varaniten, mogelijks pathogene varianten en varianten met onbekende betekenis (VUS) vanaf 2% variant allel frequentie (VAF) worden gerapporteerd, m.u.v het CEBPA gen waarbij dit 10% bedraagt en de JAK2 V617F mutatie waarbij dit 0.5% bedraagt. Voor het opsporen van substitutiemutaties en kleine insertie/deletie mutaties (<25 baseparen) bedraagt de sensitiviteit minstens 5%, en dit bij meer dan 99% van de geanalyseerde basen. Voor de JAK2 V617F mutatie wordt een sensitiviteit van 1% gegarandeerd. Indien er een verminderde gevoeligheid is voor een hotspot regio wordt dit vermeld op het rapport. Bij grotere insertie/deletie mutaties is de gevoeligheid verminderd, afhankelijk van het type variant. Er werd een verminderde gevoeligheid vastgesteld voor het opsporen van FLT3-ITD varianten, daarom wordt bij AML diagnose ook PCR-fragmentanalyse uitgevoerd. Deze test kan geen onderscheid maken tussen een verworven en een germline mutatie, en kan CHIP (clonal hematopoiesis of indeterminate potential) en pathogene mutaties niet van mekaar onderscheiden.
Uitzonderlijk kunnen mutaties in RUNX1 en CEBPA (indien biallelisch) germline zijn met implicaties voor zowel de patiënt als de familie. In deze gevallen bedraagt de allel frequentie van de mutatie om en bij de 50 of 100%. De leeftijd van de patiënt is meestel eerder jong (<40j) bij de ontdekking van een germline mutatie, al is dit bij een oudere patiënt niet uitgesloten. Een genetisch consult is in deze gevallen aangewezen. Bij twijfel kan heranalyse van het betrokken gemuteerde gen op een beenmerg monster in remissie meer duidelijkheid geven.
| Gen |
Transcript |
Exon(en) |
Geanalyseerde aminozuren (% van complete CDS) |
|---|
| ASXL1 |
ENST00000375687.4 |
13 |
I574-TER1542 (63,0%) |
| CALR |
ENST00000316448.5 |
9 |
A352-TER418 (16,0%) |
| CEBPA |
ENST00000498907.2 |
1 |
M1-TER598 (100,0%) |
| CSF3R |
ENST00000373103.1 |
14, 17 |
A576-P621, L681-TER864 (5,5%) |
| DNMT3A |
ENST00000321117.5 |
8-23 |
D286-TER913 (68,8%) |
| EZH2 |
ENST00000320356.2 |
2-20 |
S40-TER752 (94,8%) |
| FLT3 |
ENST00000241453.7 |
13-15, 20 |
P534-K647, C807-N847 (15,6%) |
| IDH1 |
ENST00000345146.2 |
4 |
Y42-Q138 (23,4%) |
| IDH2 |
ENST00000330062.2 |
4 |
F126-Q178 (11,7%) |
| JAK2 |
ENST00000381652.3 |
12,14 |
K506-F547, S593-E621 (6,3%) |
| KIT |
ENST00000288135.5 |
8-11, 13, 17 |
K412-F591, S628-G663,C788-N828 (26,3%) |
| MPL |
ENST00000372470.3 |
10 |
W491-Y521 (4,9%) |
| NPM1 |
ENST00000296930.5 |
11 |
A283-TER295 (4,4%) |
| RUNX1 |
ENST00000300305.3 |
1-8 |
M1-TER481 (100,0%) |
| SETBP1 |
ENST00000282030.5 |
4 |
N837-R918, Q1068-H1158 (10,8%) |
| SF3B1 |
ENST00000335508.6 |
13-16 |
I574-K790 (16,6%) |
| SRSF2(SFRS2) |
ENST00000392485.2 |
1 |
R66-P107 (19,0%) |
| TET2 |
ENST00000380013.4 |
3-11 |
M1-TER2003 (100,0%) |
| TP53 |
ENST00000269305.4 |
2-11 |
M1-TER394 (100,0%) |
| U2AF1 |
ENST00000291552.4 |
2, 6 |
V16-Q44, F117-M160 (30,3%) |
| WT1 |
ENST00000332351.3 |
6-9 |
H335-T477 (27,7%) |
Volgende regio's hebben frequent (in ≥ 50% van de stalen) een verminderde gevoeligheid. Deze bevatten geen hotspot mutatie regio.
| Gen |
Regio |
|---|
| RUNX1 |
Exon 6 (R205-N269) |
| RUNX1 |
Exon 8 (T323-TER481) |
| TP53 |
Exon 11 (S367-K373) |
|
